Alarmstufe Blau wird verwendet, wenn Schiffe der Intrepid Klasse zur Landung auf einem Planeten ansetzten. Außerdem wird er bei Schiffen der Prometheusklasse verwendet wenn das Schiff sich teilt, um in Angriffsposition zu gehen, zusätzlich wird er verwendet, wenn die Lebenserhaltung auf einem Deck kurz davor ist auszufallen.
Alarmstufe Grün ist der Normalzustand. Grüner Alarm ist die Standard-Alarmstufe der Sternenflotte, wenn keine Gefahr droht und alle Systeme einwandfrei funktionieren.
Auf gelben Alarm wird bei möglichen Krisensituationen gegangen, wenn man unbekannten Schiffen begegnet, oder bei bestimmten Fehlfunktionen und Systemausfällen. Im Allgemeinen ist es eine reine Vorsichtsmassnahme, da mit dieser Alarmstufe nur die Schilde aktiviert aber nicht die Waffen geladen werden. Die Mannschaft wird in erhöhte Bereitschaft versetzt, automatische Schiffsdiagnosen werden durchgeführt und Waffen und Shuttles in teilweise Bereitschaft versetzt.
Alarmstufe Rot kommt bei konkreten Notfallsituationen zum Einsatz, gilt für Kampfsituationen und sonstige Gefahren, wie EM-Stürme. Dieser Alarm signalisiert der Crew auf die Kampfstationen zu gehen oder es gibt eine Durchsage des Captains. Die automatischen Schiffsdiagnosen werden in kurzen Abständen hintereinander durchgeführt. Die Shuttles, Waffensysteme, Sensorbänke, Überlebens- und Rettungssysteme werden in volle Bereitschaft versetzt. Die Schilde werden aktiviert und die Phaser geladen. Nur die Torpedos müssen normalerweise vom Taktischen Offizier bei Bedarf zusätzlich geladen werden.